呼和浩特市為推動公立醫院綜合改革順利實施，保證公立醫院平穩運行和發展，該市堅持制度、補償、保障和管理“四個到位”，其中，通過財政補償差異化實現補償到位。
該市針對不同級別和類型的醫院，堅持“群眾負擔不增加、醫院收入不減少、財政支出能承受”的原則，制定了差異化的財政補償政策。調整醫療服務價格、增加財政投入、醫院加強核算節約成本的比例分別為：市直屬綜合、中蒙等醫院6∶3∶1，市直屬傳染病醫院1∶8∶1，市轄區旗縣級醫院3∶6∶1，市精神康復醫院全部由增加財政投入補償。市直屬醫院在上級財政補助的基礎上，其余部分全部由市本級財政補助；旗縣區級醫院在上級財政補助的基礎上，其余部分由市、旗縣區財政按1:1的比例共同分擔，實現補償到位。
同時，各級財政部門將補助資金全部列入年度預算，并將上級下達和本級財政安排的補助資金直接撥付給醫院。按照上一年度醫院藥品收入的15%測算，2016年市本級足額安排取消藥品加成財政補助經費1827.36萬元，實現了保障到位。