“炮轟”鐘南山？灰霾跟肺癌到底是什么關系？9日傍晚，方舟子發博客“指責”鐘南山所提“霧霾會導致肺癌”的說法“犯了三個錯誤”，他還在博客最后 “批評”鐘南山稱：“作為一個醫學家，特別是一個地位崇高的醫學家，說話要謹慎，不能因為霧霾現在成了輿論焦點，就拿它說事湊熱鬧。”
　　隨后，鐘南山在接受媒體采訪時隔空回應方舟子的質疑：“我是有根據的。”但他也坦承，肺癌的形成“有多少是因霧霾造成的沒有準確數據”。
　　問題1：患病率增加的依據？
　　方舟子在博客中稱，“對一個年發病率萬分之幾的疾病，說患病率增加2.42%是沒有統計學意義的，正確的說法是北京地區2001至2010年肺癌發病率增長56%。”
　　對于方舟子的第一點質疑，鐘南山表示：“肺癌發病率的相關數據是我從北京腫瘤防治研究辦公室得到的。”
　　問題2：霧霾是否導致肺癌？
關于霧霾跟肺癌之間的因果關系，方舟子稱“吸煙(包括吸二手煙)是肺癌的首要病因，約90%的肺癌因吸煙導致，其他的可能病因包括遺傳因素、石棉、氡氣、慢性阻塞性肺病、空氣污染。大約1%肺癌死亡與空氣污染有關……如果鐘院士自己的研究發現了霧霾能導致肺癌，那也應該首先寫成論文在經過同行評議的學術期刊上發表，再向公眾報告。未經同行評議就向媒體透露自己的研究成果，是違背學術規范的，對事關公共衛生的問題違背學術規范，則是很不負責任的。”
　　對此，鐘南山回應，“關于這一點，我是有根有據的。我所參考的論文都有大數量的樣本。”
　　問題3：肺癌十年前就形成了？
　　方舟子的第三個質疑是認為，即便霧霾會導致肺癌，也需要很長的時間條件。他表示，“肺癌的發生是一個長期的緩慢過程，即使能確定霧霾與肺癌的關系，那也是多年來長期生活在霧霾環境中所致，而不是今年出現霧霾，明年就得肺癌。”
　　鐘南山在回應中肯定了方舟子第三點意見。他表示，“他說的第三條是對的，肺癌的形成絕對是10年前，或者15年前開始形成的。當然抽煙是有關系的，但是有多少是抽煙造成的，有多少是霧霾造成的，這個沒有任何的根據，沒有任何準確的數據。”