自8月17日起，哈爾濱市要求受災地區實行醫療救治、衛生防疫信息日報告和零報告制度。截至8月20日，木蘭、松北等4個鄉鎮10個村屯的受災人口共計20206人，未發生任何傷亡事故。受災地區的傳染病也沒有出現異常變化。

20日，哈市疾控中心已派出10名專業人員分赴松北區和木蘭縣部分受災地區，根據信息報告情況，開展相應衛生防疫工作。20日已消毒災區2800㎡，清理垃圾污物35噸。此外，該局還檢測了松北區自備水井4處和木蘭縣自來水監測點3處，未發現水質衛生變化。

同時，該局還開展了健康知識宣傳教育活動，發放宣傳品2430份，從中受益的災區群眾共計2200人，情緒穩定。為支持災區防病工作，該局責成市級和各區縣(市)疾控中心儲備含氯消毒劑9721公斤，配備手動、機動、電動消毒器械491臺(件)。

8月20日，該局為市疾控中心緊急補充購置了飲水專用漂白精片50公斤、44件救生衣、40套分體雨衣和部分藥品。截至目前，哈爾濱市僅有松北區和木蘭縣的4個鄉鎮發生洪災。