肝內膽管癌是第二高發的原發性肝臟惡性腫瘤，早期診斷難，手術切除率低，惡性程度高，易累及周邊臟器和遠處轉移，并對放化療不敏感，預后極差，術后5年生存率僅20%～30%，同時缺乏有效的靶向和免疫治療。因此，急需深入闡明肝內膽管癌的發病機制，繪制更精確的基因及分子圖譜，為鑒定新的診治靶點并實現個體化治療提供理論依據。

2021年12月30日，國際頂級生物醫學期刊《Cancer Cell》在線發表了復旦大學（附屬中山醫院）肝癌研究所樊嘉院士團隊的最新成果“肝內膽管癌的蛋白基因組特征圖譜及臨床亞型”的研究論文，該研究全面解析了肝內膽管癌的分子特征全景，為肝內膽管癌的臨床診治提供了新思路和新策略。

在該研究中，樊嘉院士團隊建立了以蛋白質組為核心肝內膽管癌患者的分子分型：炎癥型(S1)、間質型(S2）、代謝型(S3）和分化型(S4)，這四個亞型在基因組、免疫微環境、治療策略、臨床預后等方面具有獨特的特征，有望指導臨床的個體化診治；并明確了肝內膽管癌五個主要驅動基因（TP53、KRAS、FGFR2、IDH1/2、BAP1）的針對性的潛在治療靶點，深度揭示了這些突變與細胞周期、藥物代謝、炎癥-感染等生物學過程的關聯性。

此外，研究揭示了黃曲霉毒素及中草藥馬兜鈴酸所造成的基因突變指紋在肝內膽管癌發生發展中的重要作用，為病因預防提供了線索。特別是發現了10%的肝內膽管癌存在FGFR2基因的融合和突變，FGFR2融合蛋白不僅驅動了肝內膽管癌發生發展、產生了新的靶向治療靶點，而且部分融合蛋白衍生的抗原肽具有較強免疫原性，能夠引起特異性T細胞群的激活和擴增，也是潛在免疫治療靶點。

本研究是樊嘉院士團隊繼2019年肝細胞癌分子分型登頂國際頂刊Cell、以及2019與賀福初院士團隊合作的早期肝細胞蛋白組登頂Nature之后的又一力作。通過整合多組學數據，較為完整地揭示了肝內膽管癌的分子特征及發生發展機制，是臨床科學與蛋白組等基礎科學的強強聯合，在重大疾病的診斷標志物以及治療性靶標上取得突破性進展。這些成果將進一步擴大我國在精準醫學領域的優勢，推動生物醫藥產業的創新性發展，為探索腫瘤異質性和實現個體化治療做出重要貢獻。